（一）立枯病的防治方法：
1、农业防治：进行冬灌保墒，避免因播前灌水降低地温；早中耕，雨后及时松土，提高地温，可增强棉苗抗病能力。
2、种子处理：播种前以40%得五氯硝基苯粉剂1千克与1000克棉籽拌种，或以25%的敌唑铜，0.3千克拌棉种100千克，或以五多合剂（40%的五氯硝基苯加上25%多菌灵按等量混配），0.5千克加100千克棉籽拌种，或40%拌种双可湿性粉剂0.5千克与100千克棉籽拌种，也可以用70%甲基硫菌灵（甲基托布津）可湿性粉剂0.5千克与100千克棉籽拌种都有较好的防病效果。
（二） 炭疽病防治方法
1、选种。选用无病种子和种子消毒是防治棉苗炭疽病的关键，药剂种子处理除参考苗立枯病外，还可选用70%代森锰锌可湿性粉剂0.5千克与100千克棉种拌种：或用1千克灵福合剂与50千克棉籽拌种，均有较好的防治效果。
2、加强田间管理。促使棉苗健壮，可降低发病。
（三）红腐病防治方法
运用农业防治和药剂处理种子，防治方法可参见棉苗立枯病和炭疽病。
（四）猝倒病防治方法
1、注意播种前平整土地，加强苗期管理，中耕松土，降低土温湿度，涝洼地注意排水，南部加强清沟排渍，做好沟厢台田。
2、可用50%二氯苯醌粉剂，以种子重的0.2%拌种，40%乙磷铝1300-2000微克/毫升或25%甲霜灵500-1000微克/毫升浇灌，其颗粒剂沟施等。
（五）角斑病防治方法
1、选用无病种子，或进行种子处理，沿用的“三开一凉”温水（55-60度），浸种0.5小时有效。2、选用抗病品种。
3、强田间管理，尤其在台风大雨过后，追施肥料是控制病害发展的重要措施。
4、药剂防治：药剂防治：以120-200倍波尔多液喷治有效，重病区还可以用农用氯霉素喷洒。
（六）疫病防治方法
以农业防治结合药剂控制，防治效果明显。防治方法：（1）农业防治：注意开沟排水，提高土温和土壤通透性，改善棉花生境，减少发病。轮作也有利于减少病害发生。（2）药剂防治：用40%三乙磷酸铝可湿性粉剂187-375克亩，或25%甲霜灵可湿性粉剂150-200克/亩，或75%百菌清可湿性粉剂150克/亩，对水75千克，进行喷雾或加10-20千克水低容量喷雾，每隔7-10天喷药一次，公2-3次都有较好的防效。
（七）黑斑病防治方法
1、清洁田园。
2、做好选种，种子处理及苗期管理，早中耕，勤中耕，提高地温，促使棉苗健壮，取出病弱苗，避免苗期徒长；在降温前增施草木灰等可减湿防寒。
3、在降温前可喷施600-800倍代森锰锌，70%百菌清500倍液，70%甲基托布津1000倍液，50%福美霜250-300倍液，或100-120倍液的波尔多液等。可结合治蚜虫鱼杀虫剂混合使用。
4、补救：死苗严重区早期要抓紧催芽，补种或移苗补种；死苗少区及时展开护苗工作。
（八）褐斑病防治方法
1、着重田园清洁，清扫残枝落叶，并集中烧毁；秋季深耕翻压掩埋病叶；实行轮作，减少病源。
2、加强苗期栽培管理，如深中耕，追施速效肥等，以培育壮苗提高植株抗病能力。
3、如遇到低温多雨气候出苗后，即用1:1:120倍波尔多液或600-800倍代森锰锌，甲基托布津1000倍液等喷施1-2次以防病
（九）茎枯病防治方法
1、种子处理；同立枯病。
2、加强栽培管理；实行轮作；合理密植；氮，磷，钾肥合理配比；及时中耕，整枝打叶
3、喷药保护；可用1:1:200波尔多液，或75%百菌清可湿性粉剂800-1000倍液或50%托布津可湿性粉剂800-1000倍液，或50%代森锰锌可湿性粉剂800-1000倍液喷雾。同时注意防治蚜虫
（十）根腐病防治方法
1、农业防治：平整土地，适期播种，隔离密植，汰除病菌并带出田外，深埋或烧毁。勿偏施氮肥，重病田进行轮作等都可减轻棉黑根腐病危害。
2、选用抗病品种：据试验，种植7718-235,c-6011,k102等海岛棉品种，可以防治该病。
3、药剂处理种子：播种前用硫酸脱绒后，再用五氯硝基苯或五多合剂拌种。具体可参照立枯病。
（十一）黄萎病防治方法
1、保护无病区：主要措施是检疫，杜绝从病区调种子，严格保护无病区，防治病菌随种子传播蔓延。对棉种进行消毒处理，方法是用硫酸将种子脱绒再用402抗菌剂浸种。用比重1.8以上的工业硫酸100毫升加温至110－115度倒入10千克棉籽，迅速搅拌，至全部棉绒脱光（1-2分钟）立即用水冲洗至水的味道不酸为止，再用402抗菌剂2000倍热液（55－60度）浸闷种子半小时，捞起洗净播种，或用0.3%多菌灵胶悬剂（含量35%）冷浸半小时。
2、消灭零星病区：主要措施是药剂铲除，及时发现，及时消灭，扑灭一点，保护一片。1.实行轮作可与禾本科作物轮作3-5年。2.建立无病留种地。减少病菌来源。种子消毒，方法同上。3.药剂处理土壤可用70%二溴乙烷500倍液或滴滴混剂200倍液（黄萎病用120倍液）处理病区。也可以用棉隆原粉70克/平方米土壤拌入30-40厘米深的土壤中，然后用净土覆盖或浇水封闭土表。也可用50%棉隆可湿性粉剂140克，加水45千克稀释后浇灌。
3、改造重病区：采用以种植抗病耐病高产品种为主的综合防治措施之一。可因地制宜的选用86-1号，中棉12,52-128,陕401,中棉3号，中棉9号，辽棉5号，中8004,中8010等抗性品种。实行轮作换茬。采用小麦，玉米，油菜等轮作3-4年，防病效果显著。采用稻棉轮作1-2年，效果更加，无病土育苗移栽也是一项行之有效的措施4.改进农业栽培条件实施播种；清洁棉田；增施基肥和鳞，钾肥；早中耕，及时除草，整枝，打叶；合理灌溉，及时排水等措施都能增强抗病力，减轻枯，黄委病造成的危害。
（十二）枯萎病防治方法。参见黄萎病防治方法。
（十三）叶枯病防治方法
棉花红叶枯病，又称调枯病，是棉花生长中后期的重要病害。防治方法：精耕细作，平整土地，深翻改土，增强保水保肥能力。重施基肥，巧施追肥，注意氮，磷。钾肥合理搭配。合理灌溉根据棉花不同生育期蓄水特点及时灌水秋季多雨季节注意排水，防治渍涝。
（十四）白粉病的防治方法
1、农业防治：与禾谷类作物轮作，清除病田里的残枝落叶，消灭病菌的初侵染源。
2、药剂防治，初期喷洒粉锈宁
（十五）白霉病防治方法
1、种植抗病品种。
2、提倡棉花与水稻的水旱轮作。收花后，及早拔除棉杆并彻底清洁棉田烧毁枯枝落叶，消灭越冬菌缘
3、 药剂防治：播种前用棉籽重量0.5％的退菌特或甲基托布津拌种。
（十六）线虫病防治方法
1、农业防治。严重区要及时改种水稻2-3年，或采用休闲夏季高温时深翻土壤，使其干透或采取除制保持全年无杂草；
（1）田间操作和收获时防治病土或病根扩散传病；
（2）增施有机肥，改良土壤结构，合理追施氮，磷，钾肥，及时加强灌溉使其根系成长减少损害；
（3）采摘后深刨病根暴晒干枯携出田外集中烧毁。
2、药剂防治。播种前20天采用杀线虫药剂熏蒸土壤。（1）80%的二溴氯甲烷乳剂用量5000克，加水25-50千克，均匀施入15厘米左右的深沟里，立即覆土压实或直接用开沟器施入土中；（2）3%的呋喃丹颗粒剂4-5千克/亩，加适量细土浑匀后沟施于棉苗一侧盖土
（十七）红粉病防治方法
1、清洁田园：清除烂铃壳以及苗期病苗的残体，带出田外或深埋可以减少病菌的侵染来源。
2、以禾本科作物与棉花进行轮作也有减少病源的效果。
3、每1000千克棉种与40%拌种双可湿性粉剂500克，或80%炭疽病福美可湿性粉剂300克拌种也有较好的防效。
4、及时喷药防治：与棉田刚刚出现烂铃时开始喷药，采用药剂有：80%的代森锰锌可湿性粉剂500倍液，或25%代森锰锌胶悬剂125倍液，或80%大富丹可湿性粉剂700倍液，每亩用药液量为50-80千克，防效较好；还可采用64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或0.2%代森锰锌加1%的聚乙烯醇，喷施一次（具体方法是在沸水浴中溶解5%的聚乙烯醇用时对水稻1%每100千克加入70%的代森锰锌可湿性粉剂300克再加入少许洗衣粉，可提高成模性提高防效）。
（十八）黑果病防治方法
防治棉铃损伤和加强棉铃期治虫，可减少病菌侵染途经，推迟烂铃发生时期。及时摘除有病棉铃，并携出田外销毁，可减少病害的扩散及来年病害的侵染源。
（十九）曲霉病的防治方法
改变有利棉铃发病的有利条件，如通风透光，降低棉田湿度，减少寄生性病害，促进棉铃及时开裂吐絮，同时要注意防治铃期虫害，减少虫孔传病途径。
（二十）软腐病防治方法
加强铃期虫害防治，重点为7-8月份2-3代玉米螟和棉铃虫等虫害的防治
（二十一）灰霉病的防治方法
降低棉田湿度，改变有利病菌侵染的高湿条件，及时采摘病虫铃，减少次生病菌危害，减少损失。
（二十二）铃疫病的防治方法
1、间作套种，与甘薯，豆类，麦类等间作，改善通风透光，降低土壤温度。深中耕，高培土，排出积水减少土湿3.精细整枝，堆株并拢，勤整枝早打定。
2、清洁棉田，整个生育期摘除苗枝叶等残体，都要携出田外集中烧毁。
3、用70%代森锰锌200-400倍液，25%甲霜灵500-700倍液或1:1:200的波尔多液在盛花后一个月每隔10天左右喷药一次，喷2-3次，并可与杀虫剂混合使用。兼治虫害。
4、加强田间管理，理沟清埫，久雨能排，久旱能灌，保持土壤内水分水量，促进根系发育2.增施有机肥，种植绿肥；后期增施；磷，钾肥或根外追肥，可选用云大中天全营养微量元素叶面肥可有效提高棉花抗旱抗寒抗病等能力，可促进根系发达，苗齐苗状提高棉苗叶绿素合成。